Die ehemalige Kathedrale wurde bis zur Fertigstellung der Almudena-Kathedrale als Hauptkirche genutzt. Auf dem Hochaltar befindet sich die Grabstelle von San Isidro, dem Schutzpatron von Madrid.

Die Kirche steht im Stadtteil La Latina und wurde um 1620 von dem Jesuiten Pedro Sánchez entworfen, der dabei dem Muster des Gesú in Rom folgte, der Mutterkirche des Jesuitenordens. 1769 entwarf Ventura Rodríguez ein neues Presbyterium und den Aufsatz des Hochaltars. Als im Jahr 1885 die Diözese Madrid-Alcalá gegründet wurde, verlieh man der Kirche einstweilig den Charakter einer Kathedrale, den sie 1992 mit der Einweihung der Almudena-Kathedrale wieder verlor.

Sie besteht aus einem einschiffigen kreuzförmigen Grundriss, Vierung und Seitenkapellen. Die Kapellen sind abwechselnd rechteckig und quadratisch und miteinander verbunden. Der Innenraum ist in visueller Hinsicht sehr beeindruckend, sowohl wegen der Struktur und dem Rhythmus der Kapellen und Emporen, bei denen sich Spitz- und Rundbögen abwechseln, als auch wegen der reichhaltigen Verzierung, die im 18. Jahrhundert von Ventura Rodríguez angefertigt wurde. Das Portal wirkt eher bürgerlich, ein bisschen wie ein Palasttor. Die beiden quadratischen Türme wurden zunächst nicht fertiggestellt.

1936 wurde die Kirche in Brand gesteckt, dabei wurden fast das gesamte Dach und die Kuppel zerstört. Nach dem Spanischen Bürgerkrieg wurde sie von Javier Barroso renoviert, der dann die Fertigstellung der Türme in seine Arbeit einbezog.