Die gemeinhin als «Los Jerónimos» bekannte Kirche war einst eines der wichtigsten Klöster Madrids. Daneben befand sich das sogenannte Cuarto Real, das später zur Zeit Philipps IV. zum Palacio del Buen Retiro ausgebaut wurde. Seit 1925 steht die Kirche als Monumento Nacional unter Denkmalschutz.

Seine Entstehung geht auf das Jahr 1464 zurück, als König Heinrich IV. von Kastilien das Kloster Santa María del Paso am Ufer des Flusses Manzanares in der Nähe von El Pardo gründete. Aufgrund der unwohnlichen Lage ersuchten die Mönche beim Königshaus die Verlegung an einen günstigeren Ort. 1520 gewährte ihnen Königin Isabela die Katholische den heutigen, näher am Hofe liegenden Standort, der seitdem als Prado de San Jerónimo bekannt ist.

Das Kloster war ein wichtiger Ort des Hofgeschehens und Schauplatz der Vereidigungszeremonien der Erben der spanischen Krone von Philipp II. (1528) bis Isabela II. (1833) als Fürsten von Asturien, sowie mehrerer spanischer Hoftagungen und Bischofsweihen.

Vom Kloster ist heute noch die auf der Rückseite des Prado-Museums liegende Kirche mit Kreuzgang erhalten. Die gotische Kirche besitzt den Grundriss eines lateinischen Kreuzes und besteht aus einem Mittelschiff, einem Querschiff und fünf Kapellen auf jeder Seite. Die gewaltige Zugangstreppe in der Straße Alarcón wurde anlässlich der Hochzeit von Alfons XIII. und Victoria Eugénie im Jahr 1906 errichtet.

Der Kreuzgang seinerseits verfiel im Laufe des 19. Jahrhunderts allmählich und wurde nach Absprache mit den Kirchenbehörden schließlich restauriert und als Teil der Erweiterung des Prado-Museums nach einem Entwurf von Architekt Rafael Moneo in dieses integriert. Seines äußeren Erscheinungsbilds wegen ist der Kreuzgang heute gemeinhin als «Cubo de Moneo» (etwa: Moneo-Block) bekannt.

2010 wurden die Restaurierungsarbeiten der gesamten Anlage (außer der Treppe) unter Architekt Francisco Jurado abgeschlossen, wobei der Bau wieder sein ursprüngliches Gesicht erhielt.