Das Naturkundemuseum verwaltet und zeigt eine wichtige Sammlung von Besonderheiten, um den Besuchern ein umfangreicheres Wissen zur Vielfalt unserer Natur zu verschaffen. Dieses Wissen befasst sich u. A. mit dem Umweltschutz und soll allen das Bewusstsein gegenüber den Naturwissenschaften und der Natur an sich erweitern.

Das Naturkundemuseum befindet sich im Stadtviertel Salamanca und wurde vom König Karl III. 1771 als Königliches Kabinett für Naturgeschichte ins Leben gerufen. Während seiner Geschichte wurde es mehrfach umbenannt. Das Königliche Kabinett für Naturgeschichte besaß bereits außergewöhnliche Sammlungen und eine Bibliothek, die dem spanischen Händler Pedro Franco Dávila gehörte, der sie der Spanischen Krone überließ.

Die Sammlung bestand aus Tausenden von Mineralien, Algen, Pflanzen, Tieren aller Art, Nierensteine, Bezoaren sowie Kunstobjekten aus Porzellan, Glas und Edelsteinen aus allen Kontinenten; antiken Bronzeobjekten, Skulpturen, Medaillen und Grabsteinen; Bilder von renommierten Malern verschiedener Schulen und aus diversen Ländern, Miniaturen, Zeichnungen, Aquarelle und Emaille. Seitdem, schon im Besitz der Krone, wurden die Bestände durch Ankauf und Schenkungen stetig erweitert, bis das Gebäude 1984 komplett in ein modernes Museum umgebaut wurde. Seitdem glänzt es mit historisch und wissenschaftlich wertvollen Ausstellungen und hat sich durch seine dauerhaften, aber auch zeitlich begrenzten und Sonderausstellungen einen wichtigen Ruf erworben. Das Museum nimmt an zahlreichen Forschungsprojekten teil.

Das Museum für Naturwissenschaften ist heute eines der wichtigsten naturwissenschaftlichen Forschungsinstitute des Landes. Mit zahlreichen Forschern aus den unterschiedlichsten Bereichen wie Paläobiologie, Geologie, Umwelt und Klimawandel, Umweltbiologie und Biodiversität ist das Museum eine der führenden Einrichtungen des obersten spanischen Rats für wissenschaftliche Forschung (CSIC).

Untergebracht ist es derzeit im Palacio de las Artes y la Industria. Die Bauarbeiten dazu begannen 1882 auf dem ehemals als „Altos del Hipódromo“ bezeichneten Gelände unter der Leitung des Architekten Fernando de la Torriente, unterstützt von Emilio Boix y Merino, der das Projekt nach dem Tod des Ersteren im Jahr 1886 übernahm.