Le monastère royal de la Encarnación fut fondé en 1611 par la reine Marguerite, épouse de Philippe III, comme couvent de moniales cloîtrées. À l'intérieur, la célèbre relique de San Pantaleón (saint Pantaléon) y est conservée. En 1994, il a été classé Bien d’intérêt culturel.

On doit ce bâtiment aux architectes Juan Gómez de Mora et à Fray (frère) Alberto de la Madre de Dios qui édifièrent un édifice qui est devenu un modèle de ce que l'on a appelé le baroque madrilène. Le couvent conserve d'importants ensembles picturaux et sculpturaux des XVII^e et XVIII^e siècles, avec des œuvres de Lucas Jordán, Juan Van der Hammen, Vicente Carducho, Gregorio Fernández ou Pedro de Mena. Une mention spéciale mérite le reliquaire qui comporte un ensemble de 700 pièces fabriquées en bronze, corail, marbres et bois précieux en provenance d'Italie, d'Allemagne, d'Espagne et des Pays-Bas.

L'église a été restaurée en 1761 par Ventura Rodríguez Rodríguez. Le Désamortissement de 1836 a affecté sensiblement le couvent, car les moniales furent expulsées de la clôture en 1842 et l'on procéda à sa démolition progressive. Le directeur des travaux de démolition était en 1844 l'architecte Narciso Pascual y Colomer. Le projet de reconstruction du couvent date de cette même année, surtout dans l'aile de la calle de San Quintín ; il a commencé en 1847, l'année où les moniales s'installèrent de nouveau dans le bâtiment après cinq ans de sécularisation forcée.