Situado frente a la Muralla Árabe, justo debajo de la misma Catedral de la Almudena, se esconde este hermoso templo construido en estilo neorrománico, con planta de cruz latina, en el que destacan sus más de 400 columnas coronadas con capiteles, todos ellos diferentes, que evocan figuras bíblicas y motivos de la naturaleza, así como la figura de la Osa y el Madroño, símbolo de Madrid.

De las mismas dimensiones que la catedral, la cripta está considerada como una de las mayores de toda España. La fachada goza de referencias medievales, con una triple puerta con arco de medio punto. Está presidida por una imagen de la Almudena, patrona de Madrid, junto al Corazón de Jesús y San Isidro, cobijados por una girola. Tiene cinco naves, y a sus lados, 20 capillas. En ellas han intervenido artistas como Benlliure, en los relieves, o Maumejean, con sus magníficas vidrieras que iluminan sus capillas. La decoración de las capillas más antiguas mezcla mosaicos de tradición bizantina, relieves e imágenes de proporciones clásicas, así como vitrales de estilo gótico. Las lámparas votivas que penden del techo están inspiradas en el tesoro de Guarrazar, hallado en Toledo a mediados del siglo XIX.

Una de sus joyas es la imagen de Nuestra Señora de la Flor de Lis, posiblemente la imagen más antigua de la Virgen que se venera en la ciudad.