El manantial ya existía en el siglo XII, cuando se tiene noticia de las propiedades curativas de sus aguas, que San Isidro había hecho brotar milagrosamente al clavar su aguijada en el suelo para dar de beber a su amo, Iván de Vargas. La fuente permanece abierta, desde el 27 de octubre de 2021, todo el año, de 9 a 15:00 horas, tras llevarse a cabo una serie de obras de restauración, saneamiento y acondicionamiento del manantial, siguiendo las medidas sanitarias exigidas por la Comunidad y el Ayuntamiento de Madrid.

La costumbre de los campesinos, anterior a la construcción de la ermita de San Isidro, consistía en ir a beber el agua que brotaba de la fuente al ser considerada milagrosa. La emperatriz Isabel de Portugal quiso probar las bondades que los madrileños atribuían al agua y, tras beber del manantial, el emperador Carlos V y su hijo, el futuro monarca Felipe II, se recuperaron de sus enfermedades. Agradecida por la curación de su esposo e hijo, la reina Isabel ordena levantar una nueva ermita en honor al Santo en 1528.

Pronto la devoción por San Isidro de labradores y madrileños da origen a la celebración de una romería. Al principio fue solo una procesión hasta la ermita de San Isidro para beber del agua milagrosa, venerar la reliquia del santo y comer en sus aledaños, para convertirse en los siglos XVIII y XIX en una multitudinaria conmemoración religiosa y lúdica.

Con anterioridad al 15 de mayo, día de la festividad del Santo Patrón, la Archicofradía Sacramental de San Pedro, San Andrés y San Isidro organiza la bendición del agua en el jardín del manantial milagroso contiguo a la Ermita, invitando a autoridades eclesiásticas y civiles y contando con la presencia de un padrino o madrina diferente cada año, con un popular acto que goza de una gran asistencia ciudadana.