Situada en el Barrio de las Letras, esta iglesia está construida sobre el solar que ocupó el antiguo Colegio de Ingleses, fundado por César Bogacio en 1611. Tras la expulsión de los jesuitas en 1767, el edificio fue adquirido por la Congregación de los naturales de Vizcaya y lo sometieron a una profunda reforma que se encargó al arquitecto Francisco Moradillo. El templo se volvió a abrir al culto en 1776.

En 1895, la congregación decidió derribar el templo y construir uno nuevo, más moderno y funcional. Las obras concluyeron en 1898 y contó con una residencia para padres Trinitarios Descalzos. En 1936, durante la Guerra Civil, el edificio fue incendiado y quedó prácticamente destruido, a excepción de la fachada principal, la torre y los muros. 

En 1942 fue reconstruido por Regiones Devastadas bajo la dirección del arquitecto Alberto de Acha y Urioste, quien alteró bastante las trazas del edificio original, sobre todo la fachada, que fue reconstruida sobre sillares de piedra.