Situado en el antiguo Colegio Convento de Dominicos de la Madre de Dios, fundado en el siglo XVII, el Museo Arqueológico Regional de Alcalá de Henares muestra de una manera pedagógica la historia del territorio que conforma la Comunidad de Madrid desde la prehistoria hasta la época actual.

Su colección recorre la historia de Madrid a través de las evidencias materiales de su pasado. De este modo, tienen cabida la evolución del paisaje y la fauna hasta la llegada de los primeros hombres, la vida de estos pobladores, las primeras sociedades productoras, la ocupación romana, la Edad Media y el traslado de la Corte española a Madrid desde Valladolid. Además, posee un apartado dedicado a la arqueología como ciencia y a su presencia en la Comunidad de Madrid.

El museo cuenta con visitas guiadas a la exposición permanente, temporal y para personas con discapacidad visual. Para todas es imprescindible la reserva previa en el teléfono 91 879 66 66.

Coincidiendo con su 25º aniversario, desde junio de 2022 el centro pasa a llamarse Museo Arqueológico y Paleontológico Regional, incorporando los yacimientos del Valle de los Neandertales -Pinilla del Valle- y Llano de la Horca -Santorcaz-.