Il Real Monasterio de la Encarnación venne fondato nel 1611, come convento per monache di clausura, dalla regina Margherita, sposa di Filippo III. Al suo interno è conservata la famosa reliquia di San Pantaleone. Nel 1994 è stato dichiarato Bene di Interesse Culturale.

L’edificio è opera degli architetti Juan Gómez de Mora e Fra Alberto de la Madre de Dios, i quali realizzarono un lavoro che si convertì in modello di ciò che si cominciò a chiamare, successivamente, barocco madrileno. Il convento conserva importanti gruppi pittorici e scultorei dei secoli XVII e XVIII, con opere di Luca Giordano, Juan Van der Hammen, Vincenzo Carducci, Gregorio Fernández o Pedro de Mena. Una menzione speciale merita il reliquiario che ospita un insieme di 700 opere realizzate in bronzo, corallo, avorio e legni pregiati provenienti da Italia, Germania, Spagna e Paesi Bassi.

La chiesa fu rimodernata nel 1761 da Ventura Rodríguez. L’espropriazione del 1836 danneggiò moltissimo il convento, poiché le suore furono obbligate ad abbandonarlo nel 1842 e si procedette, quindi, ad una sua lenta demolizione. Il direttore dei lavori di sgombero macerie era, nel 1844, l’architetto Narciso Pascual y Colomer. Di questo medesimo anno è anche il progetto di ricostruzione del convento, soprattutto nell’ala della calle de San Quintín, che si cominciò nel 1847, anno in cui le suore tornarono nell’edificio dopo cinque anni di esclaustrazione.