O museu tem como objetivo oferecer ao público uma visão global da cultura de diferentes povos do mundo, e explorar as semelhanças e as diferenças culturais que unem e separam os diferentes povos, destacando a sua diversidade cultural.

O "Museu Anatómico", popularmente conhecido como Museu Antropológico, foi inaugurado no dia 29 de abril de 1875 pelo monarca Alfonso XII. A sua fundação ficou a dever-se à iniciativa pessoal do médico segoviano Pedro González Velasco, que investiu todo o seu património na construção do edifício, obra do arquiteto Francisco de Cubas. As coleções da época incluíam objetos pertencentes aos três "reinos" da natureza - mineral, vegetal e animal -, e mostras de antropologia física e de teratologia, bem como antiguidades e objetos etnográficos, pelo que poderia considerar-se como um típico "gabinete de curiosidades". Após a morte do seu fundador, o estado adquiriu o edifício e todas as suas coleções, que se foram ampliando ao longo do tempo, com mostras da cultura material de diferentes povos de África, América, Ásia, Europa e Oceânia.

Em 2004 o Museu Nacional de Antropologia iniciou a renovação da sua exposição permanente, começando pela sala dedicada à África, a que se seguiram em 2005 as salas da América e de Antropologia Física. A renovação atual responde a um novo discurso expositivo, mais em consonância com os critérios científicos, museológicos e antropológicos atuais, centrando-se na temática e agrupando os fundos em áreas como indumentária e adornos, música e atividades lúdicas, crenças, habitação e artigos domésticos, precedidas por uma introdução e alguns dados geográficos e históricos. A última fase da renovação finalizou em outubro de 2008, com a inauguração da nova sala da Ásia (Filipinas e religiões orientais), situada no piso térreo do edifício. 

O museu ocupa um total de três pisos, pelos quais se distribuem as suas cinco salas de exposição:

• - Sala das Origens do Museu: situada no piso térreo, está dedicada às origens do museu. Nela se recria a labor dos gabinetes de história natural até ao começo do século XX, em homenagem ao Dr. Pedro González Velasco, fundador do museu. Este espaço será objeto de uma profunda remodelação museográfica.

• - Sala das Filipinas: situada no piso térreo. A complexidade étnica, histórica e cultural deste imenso arquipélago tropical reflete-se nos inúmeros e variados objetos pertencentes a um heterogéneo conjunto de comunidades, a maior parte dos quais é procedente da Exposição Geral das Ilhas Filipinas, que teve lugar no Parque de El Retiro de Madrid em 1887.

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• - Sala das Religiões Orientais: dedicada às Religiões Orientais, trata-se de uma síntese das coleções asiáticas do museu. A falta de espaço impossibilitou a cobertura de todos os aspetos relacionados com as diversas e ricas culturas deste imenso continente, pelo que se optou por um eixo condutor em torno às três principais religiões: o islão, o budismo e o hinduísmo.

• - Sala de África: situada no primeiro piso, nela podemos descobrir a diversidade de um continente cuja riqueza cultural realmente ainda estamos a começar a descobrir. O espaço expositivo está dividido em quadro áreas temáticas: vida doméstica, vestuário, ócio e religião.

• - Sala da América: situada no piso 2, está dedicada às culturas da América ou Abya Yala, nome dado pelo povo Guna ao continente, e que muitos preferem utilizar em lugar de América, que é um nome de origem europeia. As coleções encontram-se organizadas em cinco secções temáticas: modo de vida, vida doméstica, vestuário, ócio e religião.

DEIXE-SE SURPREENDER

A sala III, dedicada à Antropologia física, procura recriar um antigo gabinete de história natural do começo do século XX, e nela se exibem alguns dos exemplares mais relevantes das coleções do museu, cada um deles representando características próprias, variedades anatómicas, patologias, traumatismos, diferenças étnicas, etc. Destaque para o crânio feminino deformado procedente de Tiahuanaco (Bolívia), o crânio feminino da Ilha de Samar (Filipinas), que apresenta lesões ósseas características da sífilis venérea, e a máscara mortuária de um indígena maori tatuado.