Кафедральный собор Святого Исидора оставался таковым, пока не завершилось строительство кафедрального собора Богоматери Альмуденской. Около алтаря церкви находится гробница Святого Исидора, покровителя города.

Эта церковь в Латинском квартале была построена в 1620 году по проекту иезуита Педро Санчеса наподобие церкви Джезу в Риме. В 1769 году Вентура Родригес создал новый клирос и запрестольный образ. Церковь временно получила статус кафедрального собора в 1885 году при образовании епархии Мадрид–Алькала, и в 1992 году этот статус перешел к недавно возведенному кафедральному собору Богоматери Альмуденской.

Здание имеет форму латинского креста с одним нефом и боковыми часовнями, величественным средокрестием и строгой алтарной частью. Часовни квадратной и прямоугольной формы соединяются между собой. Внутреннее пространство церкви отличается гармонией, ритмичностью часовен и хоров и сочетанием плоских и полукруглых сводов. Богатое убранство было выполнено Вентурой Родригесом в XVIII веке. Налет светскости и дух дворцовой архитектуры придает церкви портал с двумя квадратными башнями, которые так и не были закончены.

Пожар в 1936 году полностью разрушил крышу церкви, что привело к обрушению центрального купола, отстроенного заново лишь после Гражданской войны Хавьером Барросо, который завершил и башни.