Строительство монастыря велось под руководством Антонио Сильеро, а затем Хуана Баутисты из Толедо в период с 1559 по 1564 годы. Оно предназначалось для ордена клариссинок-колеттанок и заняло место старинного дворца, в котором неоднократно останавливались Карл V и Изабелла Португальская. Именно здесь в 1535 году родилась их дочь, инфанта Хуана, которая впоследствии и основала монастырь. В одной из капелл монастыря ныне можно увидеть саркофаг Хуаны Австрийской с надгробной скульптурой в виде молящейся фигуры, которую изваял Помпео Леони.

С точки зрения архитектуры, наибольший интерес вызывают фасад в стиле платереско и великолепная ренессансная лестница. В XVIII веке внутренние помещения были перестроены по проекту Диего де Вильянуэвы, однако структура здания и многие декоративные элементы дворца в стиле платереско сохранились.

В этом монастыре жили Хуана Австрийская, а затем ее сестра Мария, вдовствующая императрица, которая скончалась здесь в 1603 году. Лестница и капелла Чуда украшены интересными фресками XVII века. Особого внимания заслуживают гобелены, сотканные в Брюсселе по картонам Рубенса. Они изображают «Триумф Евхаристии» и были заказаны для монастыря инфантой Изабеллой Кларой Евгенией, дочерью Филиппа II, которая носила титул правительницы Нидерландов.

Монастырь вошёл в список Объектов культурного наследия, а также получил награду «Европейский музей года» в 1987 году. Последний ремонт, выполненный во время принудительного закрытия из-за пандемии в 2020 и 2021 годах, позволил значительно обновить музеографическую коллекцию. В результате изменения произошли в восьми залах, более 50 произведений были отреставрированы, в экспозицию были включены ранее не представленные экспонаты и была установлена новая система светодиодного освещения.