Музей предлагает своим посетителям познакомиться с культурой различных народов мира, а также рассмотреть общие черты и отличия, объединяющие или разъединяющие их и свидетельствующие о культурном многообразии мира.

29 апреля 1875 года король Альфонсо XII торжественно открывает «Анатомический музей», хотя в народе он будет известен как «Антропологический музей». Его открытие было личной инициативой сеговийского врача Педро Гонсалеса Веласке, вложившего все свои сбережения в строительство здания, проект которого был создан архитектором маркизом де Кубас. В те времена коллекция музея состояла из предметов, относящихся к трём «царствам» природы – минеральному, растительному и животному, экспонатов физической антропологии и тератологии, а также предметов старины и этнографии, поэтому его можно было считать своеобразным «кабинетом любопытных вещей». После смерти основателя государство приобрело здание музея и все его коллекции, которые со временем обогатились предметами материальной культуры различных народов Африки, Америки, Азии, Европы и Океании.

В 2004 году Национальный музей антропологии начал обновление постоянной экспозиции, сначала в зале Африки, в 2005 году – в залах Америки и Физической Антропологии. Современное обновление соответствует новому выставочному дискурсу, отвечающему современным научным музеологическим и антропологическим критериям. Особое внимание было уделено тематике и группировке фондов по таким разделам как одежда и украшения, музыка и развлечения, верования, жильё и предметы обихода, которым предшествует введение и краткие географические и исторические справки. Последний этап обновления был завершён в октябре 2008 года, когда был открыт новый зал Азия (Филиппины и Восточные религии), расположенный на первом этаже здания.

Музей, занимающий три этажа, состоит из пяти выставочных залов:

• - Зал истории музея: зал, расположенный на первом этаже, посвящён истории музея. Здесь, в память об основателе музея докторе Педро Гонсалесе Веласко, представлены копии кабинетов естественной истории, которые существовали до начала ХХ века. Зал станет объектом глубокой музеографической реконструкции.

• - Зал Филиппинских островов: расположен на первом этаже. Этническое, историческое и культурное разнообразие этого огромного тропического архипелага отображено в многочисленных и самых разных предметах, принадлежащих многообразной группе сообществ, которые в большинстве своём были привезены на Главную выставку Филиппинских островов, которая проходила в мадридском парке Ретиро в 1887 году.

•  

• - Зал восточных религий: зал, посвящённый восточным религиям, представляет собой синтез азиатских коллекций музея. Из-за недостатка места отсутствует возможность продемонстрировать все аспекты разнообразных и богатых культур этого огромного континента, поэтому было принято решение построить экспозицию вокруг трёх основных религий: ислама, буддизма и индуизма.

• - Африканский зал: расположен на втором этаже. Здесь можно познакомиться с разнообразием континента, культурное богатство которого мы только начинаем открывать для себя. Экспозиция состоит из четырёх тематических разделов: быт, костюмы, досуг и религия.

• - Американский зал: зал, расположенный на третьем этаже, посвящён культурам Америки или «Абья Яла», как называется этот континент на языке гуна, которое многие предпочитают использовать вместо «Америки» – названия европейского происхождения. Коллекции представлены в пяти тематических разделах: образ жизни, быт, костюм, досуг и религия.

ЛЮБОПЫТНЫЙ ФАКТ

Зал III, посвящённый Физической антропологии, напоминает традиционный кабинет естественной истории начала ХХ века. Здесь представлены некоторые из главных экспонатов коллекций музея, каждый из которых обладает собственными характеристикам, анатомическими отличиями, патологиями, травмами, различными этническими особенностями и т.д. Например, среди экспонатов этого зала есть деформированный женский череп из Тиауанако (Боливия), женский череп с острова Самар (Филиппины), имеющий характерные повреждения, появившиеся вследствие заболевания венерическим сифилисом, и посмертная маска татуированного маори.