Морской музей был основан 28 сентября 1792 года по инициативе Антонио Вальдеса и Фернандеса Басана, Государственного секретаря по делам морского флота при короле Карле IV. После многочисленных переездов Морской музей в 1932 году обосновался в бывшем министерстве морского флота на бульваре Искусств, где сегодня размещается генштаб ВМС Испании.

Морской музей ставит своей целью собрание, сохранение, исследование, экспонирование и популяризацию в научных и образовательных целях предметов, документов и коллекций, имеющих историческую, художественную и научно-техническую ценность и имеющих отношение к морскому флоту. Главная задача Морского музея - распространять знания о военно-морском флоте Испании, бережно хранить и соблюдать славные флотские традиции, доносить до общества чувство гордости за достижения Испании на море.

Коллекции музея пополнялись различными путями. Большая часть музейных фондов поступила в дар от королевской семьи, бывшего Министерства морского флота, ныне исчезнувших школ гардемаринов, морских департаментов в Испании и военно-морских баз на Филиппинах и Кубе, Гидрографического депо, Королевской обсерватории морского флота в Сан-Фернандо, Гидрографического института в Кадисе, а также многочисленных пожертвований от частных лиц. Выставочные залы музея в хронологическом порядке раскрывают перед посетителями многочисленные исторические ценности военно-морского флота Испании с XV века и до наших дней.