Церковь Святого Антония была основана Филиппом III в начале XVII века. Она отличается от других церквей Мадрида овальной формой и обилием фресок, покрывающих все ее стены. В настоящее время богослужения здесь отправляет Королевское братство защиты и милосердия Мадрида, выступающее также организатором экскурсий, которые проводятся в храме по утрам с понедельника по субботу.

В начале XVII века Филипп III передал церковь Святого Антония и примыкавшую к ней больницу в пользование паломников из Португалии, которые находились в Мадриде проездом, поэтому ее стали называть Португальской церковью. Когда в 1640 году испанская корона утратила Португалию, храм перестал принимать португальских странников и пустовал до 1689 года, когда Марианна Австрийская передала его немецким католикам, прибывшим в Мадрид вместе с супругой ее сына Карла II. В это время его и начали называть Немецкой церковью.

Святому Антонию Падуанскому храм был посвящен с самого начала. Строительство церкви началось в 1624 году. В нем принимали участие знаменитые мастера того времени: Педро Санчес, Франсиско Сесенья и Хуан Гомес де Мора. Декоративное убранство внутренних помещений создавалось поэтапно, при участии многих выдающихся художников. Франсиско Риччи является автором композиции, украшающей купол, — яркого образца оптической иллюзии; Франсиско Карреньо-де-Миранда написал образ святого Антония, возносящегося к Богоматери, а Лукас Хордан украсил фресками колонны.

За время своей истории храм подвергался нескольким реставрациям и перестройкам, благодаря которым был сохранён и восстановлен этот прекрасный образец мадридского барокко. В 1880 году был создан проект по обновлению фасада церкви, который должен был гармонировать с возведённым рядом зданием Мадридского братства убежища и милосердия.

Экскурсии по храму (в настоящее время только на испанском языке) предполагают знакомство с историей Королевского братства и с большой коллекцией оригинальных вещей разных времён и предметов религиозного культа, а также с картинами и портретами известных художников, многие из которых являются частью королевского наследия. В ризнице можно увидеть первое алтарное украшение церкви и различные предметы высокой художественной ценности.