Der Vorschlag für die Gründung einer königlichen Kunstakademie stammte von dem Maler Antonio Meléndez. Im Jahr 1726 schlug dieser dem damaligen König Philipp V. vor, eine Kunstakademie für Design, Malerei, Bildhauerei und Architektur einzurichten.

Das Museum der Königlichen Akademie der Schönen Künste San Fernando, ganz in der Nähe der Puerta del Sol, beherbergt derzeit über 1.400 Gemälde, 600 Skulpturen und 15.000 Zeichnungen sowie eine ausgezeichnete Sammlung dekorativer Kunst in Form von Wandteppichen, Silberschmiedearbeiten, Keramik, Porzellan, Uhren, Möbeln und Medaillen. Hinzu kommt ein fester Fotosaal mit einer kleinen Auswahl aus den rund 3.000 Stücken des derzeitigen Museumsbestands an Fotografien. Zu den hier ausgestellten Fotografen gehören große Meister der spanischen Fotografie wie Charles Clifford, Ramón Masats, Paco Gómez, Gabriel Cualladó, Castro Prieto, García Alix, Isabel Muñoz, Ouka Leele, Manuel Outumuro, Chema Madoz und Carlos Pérez Siquier.

Die Dauerausstellung der Akademie enthält Meisterwerke der spanischen, italienischen und flämischen Kunst. Von Francisco de Goya, der ab 1780 Mitglied war, besitzt das Museum 13 Gemälde, darunter zwei Selbstporträts (etwa das Selbstporträt an der Staffelei, die einzige Darstellung des Künstlers bei der Arbeit in seinem Atelier), Stierkampf, die Portraits von Moratín, Juan de Villanueva, die Schauspielerin La Tirana und die als Das Begräbnis der Sardine bekannte Karnevalsszene. Seit Juni 2022, nach der Renovierung des Museums dank einer Spende der Callia-Stiftung im Rahmen der lateinamerikanischen Förderpreise Premios Latinoamericanos de Mecenazgo sind Goyas Werke in den beiden Hauptsälen im ersten Stock - also auf nunmehr doppelter Ausstellungsfläche - zu sehen.